故事发生在1947年。故事主人公秦风和白雪是一对恋人，秦风在共产党组织的反对蒋家王朝的学生运动中表现出色，被他的老师、中央地下党的领导人陈天浩吸收入党，并派往敌人的“心脏”从事党的地下工作，最终成为一名出色的特工。由于隐蔽工作的特殊性，秦风只能不辞而别。刚怀孕的白雪此时家破人亡，走投无路，无处安身，只好不明就里地接受姑姑——国民党军统的王牌特工的安排，参加了国民党军统的特训班。在生下儿子后，又派往国外训练，后以进步青年的身份潜入我解放区，成为解放军的一名干部，代号“银狐”。

　　在一场关乎中国解放进程的战役前夕，国民党军统特务头子派遣白雪来到滨江，目的是摸清我军主攻方向，刺探我军情报。此时，秦风调回解放区，肩负着破获以“银狐”为首的敌特组织的重任。一对恋人在分别六年后，终于相见。秦风怀着深深的内疚，面对白雪的冷漠，依旧想唤起白雪的爱情。秦风炽热的爱慢慢熔化着白雪，白雪的信仰在摇摆、在改变。特务头子、白雪的姑姑察觉后，利用白雪的儿子要胁，迫使白雪走上继续与人民为敌的道路，最后白雪被秦风击毙。一对生死恋人，两个高级特工，情仇交织，斗智斗勇。不同的信仰决定了两个人不同的命运。这是一部中国版的《史密斯夫妇》。

　　是谍战片更是情感剧

　　虽然片名中有“解密档案”四个字，但制片人何流强调，这不是一部单纯的谍战片，反映的是在那个年代背景下，一对恋人的悲情故事。自从《暗算》之后，在国家广电总局定期公布的电视剧备案目录上，谍战题材的作品就占据了相当高的比例，也许正是担心人们想当然地把这部戏归为“快餐式”的扎堆戏，制片人何流才要不断弱化这部戏的谍战特点，更突出男女主人公秦风和白雪的情感故事。

　　导演俞钟的执导就注定这部戏不是一部谍战片，一向擅长情感戏拍摄的俞钟制造了不少荧屏催泪弹，所以他一来就把原剧本单纯的谍战片变成了一个以情感线为主的“爱情谍战片”，男女主人公如此斩不断理还乱的情感也只会出自俞钟之手。有那么多荧屏催泪弹摆在前面，俞钟丝毫不担心这部戏情感部分的动人程度，倒是谍战风格的作品是他第一次触及。俞钟说，他在努力改变自己拍摄情感剧的惯用手法，让自己适应谍战风格的题材，“还好，一切都很顺利，我也感觉到有什么东西能够阻挡我实现我预期的设想，这是一个悲剧女人的故事，每个人都是在双重或者多重的身份下生存。演员的表现也相当不错，尤其是又有高明、王奎荣、石兆琪这样的实力演员托着，我没什么好担心的。”俞钟说。

　　丁海峰徐筠正反大较量

　　很难想像，一对互相把对方看作“眼中钉”的情侣关系到底是什么样的，尤其是对于主演丁海峰而言，这样复杂的情感关系不是能经常遇到的。这位一脸刚毅的男星身着解放军的军服一看就是“朱时茂式”的正面人物，虽然距离当年《水浒》的“打虎武松”已有多年，但线条硬朗不减当年。

　　这部戏的情感戏份对丁海峰来说是一个挑战，因为这样的情感关系在近年来的影视作品当中少之又少，不过丁海峰还是很自然地将情感戏分层：个人爱情在民族大义面前显然不能占据上风，但这过程不是英雄断臂式的壮举，而是经历了痛苦的情感挣扎。不过在民族大义之前，丁海峰还是不改硬汉本色，在与爱人在海边举行完了只有两人的婚礼后，把枪口指向了对方。“他们明知已经不可能在一起，但还是要在海边举行只有他们两个人的婚礼，而婚礼之后他们就要将枪口指向对方，这样的故事恐怕只有感动与同情，而没有了憎恨与斗争。”

　　女一号白雪的扮演者徐筠这次担负了艰巨的任务，从拍广告出身到影视表演，上戏毕业的徐筠恐怕还很难自信地对这个角色说“没问题”。她是全剧戏份最重的人，她是一个为了孩子与爱人而活的女人，她是一个要隐藏自己真实身份和情感的女人，她是一个要盗取情报的特工，她是一个温柔、善良还有些懦弱的女子……导演俞钟交给徐筠的是一个“大长今”式的人物，只不过这又是一个“川岛芳子”与“大长今”的混合体，“在这部戏的前半部分，我是一个冷血的女间谍，后半部分我又在情感中间苦苦煎熬，感觉非常痛苦，有爱说不出口，很压抑。”徐筠说：“应该说，这不是一个简单的反面人物，而是一个令人同情的反面女性。”徐筠为了塑造好白雪这个人物形象下了不少的苦工，戏下总是拿着剧本反复翻看，琢磨人物性格，每拍完一场戏，徐筠都会大松一口气。而剧本中“白雪”在正义与邪恶中的徘徊，在亲情与爱情间的迟疑着实考验了这位“史上最清纯谋女郎”的演技。

　　28集的电视剧剧组只用了两个月的时间就拍摄完成，不得不佩服主创们的高效率，对此，有大量戏份的徐筠却“诉起苦来”：“拍摄《眼中钉》时我们根本没有时间坐，刚刚拍完一场，下一场马上又要开始。一边候场一边与导演和对手讨论剧本。等到一天的工作完成，我回到酒店后才发现两只脚已经肿得不像样，马上开始倚着墙倒立20分钟，为的就是让脚底的血回流。”就这样一直倒立了2个月的徐筠，即使这部戏杀青之后，徐筠有时还是会不自觉地跑到墙边倒立一会儿。